Topografi kawasan sangat unik dan menarik, dimana atol yang terdiri dari gugusan pulau-pulau gosong karang dan rataan terumbu yang luas dan tenggelam, membentuk pulau-pulau dengan jumlah yang cukup banyak. Diantara pulau-pulau gosong karang, terdapat selat-selat sempit yang dalam dan terjal. Sedangkan pada bagian permukaan rataan terumbu, banyak terdapat kolam-kolam kecil yang dalam dan dikelilingi oleh terumbu karang. Pada saat air surut terendah, terlihat dengan jelas daratan kering dan diselingi genangan air yang membentuk kolam-kolam kecil.
Tumbuhan yang terdapat di daerah pantai didominasi oleh kelapa (Cocos nucifera), pandan laut (Pandanus sp.), cemara laut (Casuarina equisetifolia), dan ketapang (Terminalia catappa).
Terumbu karang yang sudah teridentifikasi sebanyak 261 jenis dari 17 famili diantaranya Pocillopora eydouxi, Montipora danae, Acropora palifera, Porites cylindrica, Pavona clavus, Fungia concinna, dan lain-lain. Sebagian besar jenis-jenis karang tersebut telah membentuk terumbu karang atol (barrier reef) dan terumbu tepi (fringing reef). Semuanya merupakan terumbu karang yang indah dan relatif masih utuh. Terdapat sekitar 295 jenis ikan karang dan berbagai jenis ikan konsumsi yang bernilai ekonomis tinggi seperti kerapu (Epinephelus spp.), cakalang (Katsuwonus spp.), napoleon wrasse (Cheilinus undulatus), dan baronang (Siganus sp.). Sebanyak 244 jenis moluska diantaranya lola (Trochus niloticus), kerang kepala kambing (Cassis cornuta), triton (Charonia tritonis), batulaga (Turbo spp.), kima sisik (Tridacna squamosa), kerang mutiara (Pinctada spp.), dan nautilus berongga (Nautilus pompillius). Jenis-jenis penyu yang tercatat termasuk penyu sisik (Eretmochelys imbricata), penyu hijau (Chelonia mydas), dan penyu lekang (Dermochelys coriacea). |
Sebanyak 15 buah pulau di Taman Nasional Taka Bonerate dapat dilakukan kegiatan menyelam, snorkeling, dan wisata bahari lainnya.
